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Fedora 9最重大的一个改变是整合新文件系统ext4。ext4不会作为发行版默认的文件系统，但用户和系统管理员可以选择使用。红帽子公司Fedora项目成员和文件系统开发者Eric Sandeen在接受采访时称，ext4将会提供更大的容量支持和在线磁盘碎片整理工具，更好的性能执行和可靠性。ext3文件系统限制的最大卷为2T，ext4能够扩展到16T。